Polymorphisms in candidate genes and their association with carcass traits and meat quality in Nellore cattle

Abstract

The objective of this work was to estimate the allele polymorphism frequencies of genes in Nellore cattle and associate them with meat quality and carcass traits. Six hundred males were genotyped for the following polymorphisms: DGAT1 (VNTR with 18 nucleotides at the promoter region); ANK1, a new polymorphism, identified and mapped here at the gene regulatory region NW_001494427.3; TCAP (AY428575.1:g.346G>A); and MYOG (NW_001501985:g.511G>C). In the association study, phenotype data of hot carcass weight, ribeye area, backfat thickness, percentage of intramuscular fat, shear force, myofibrillar fragmentation index, meat color (L*, a*, b*), and cooking losses were used. Allele B from the ANK1 gene was associated with greater redness (a*). Alleles 5R, 6R, and 7R from the DGAT1 VNTR gene were associated with increased intramuscular fat, reduced cooking losses and increased ribeye area, respectively. The single nucleotide polymorphism (SNP) of the TCAP gene was not polymorphic, and MYOG alleles were not associated with any of the evaluated characteristics. These results indicate that ANK1 and DGAT1 genes can be used in the selection of Nellore cattle for carcass and meat quality.

O objetivo deste trabalho foi estimar as frequências de polimorfismos alélicos em genes de bovinos Nelore e associá-los às características de carcaça e qualidade da carne. Seiscentos machos foram genotipados quanto aos seguintes polimorfismos: DGAT1 (VNTR com 18 nucleotídeos na região promotora); ANK1, novo polimorfismo, identificado no presente estudo e mapeado na região gênica regulatória NW_001494427.3; TCAP (AY428575.1:g.346G>A); e MYOG (NW_001501985:g.511G>C). No estudo de associação, foram utilizados os dados fenotípicos de massa da carcaça quente, área de olho do lombo, espessura de gordura subcutânea, percentagem de gordura intramuscular, força de cisalhamento, índice de fragmentação miofibrilar, coloração da carne (L*, a*, b*) e perdas por cocção. O alelo B do gene ANK1 foi associado ao aumento da coloração vermelha (a*) da carne. No gene DGAT1, os alelos 5R, 6R e 7R foram associados ao aumento de gordura intramuscular, à redução das perdas por cocção e ao aumento da área de olho de lombo, respectivamente. O SNP (polimorfismo de nucleotídeo único) do gene TCAP não apresentou polimorfismo, e os alelos do gene MYOG não foram associados a nenhuma das características avaliadas. Os resultados indicam que os genes ANK1 e DGAT1 podem ser utilizados na seleção de animais Nelore quanto à qualidade de carne e carcaça.