Estrutura populacional e análise de variabilidade genética em rebanhos ovinos brasileiros

Abstract

As raças ovinas deslanadas são parte do patrimônio genético do Brasil, formado por animais adaptados ao semiárido nordestino e com potencial de produção de carne e pele. No entanto tratam-se de raças de recente formação, ainda com poucos programas de melhoramento genético, e consequentemente, carente de estudos da estrutura populacional, variabilidade genética, endogamia e grau de conservação. Diante disso este trabalho teve dois objetivos: 1) analisar a variabilidade genética da raça Santa Inês no Brasil com base em informações de pedigree utilizando registros de animais da raça Santa Inês, provenientes da Associação Sergipana de Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO) criados na Região Nordeste do Brasil e 2) avaliar a estrutura genética e variabilidade genética do núcleo de conservação da Embrapa Caprinos e Ovinos, localizada na cidade de Sobral, região do norte do estado do Ceará, controlado pelo Sistema de Gerenciamento de rebanho (SGR) dentro do dentro do programa de melhoramento genético de caprinos e ovinos de corte – GENECOC®. O arquivo de pedigree da raça Santa Inês (ASCCO) continha 29080 animais e os arquivos de dados genealógicos pertencentes ao GENECOC 904 indivíduos da raça Santa Inês, 972 indivíduos da raça Somalis e 1372 indivíduos da raça Morada Nova. Para a primeira análise dos animais Santa Inês a média da integridade do pedigree nas últimas quatro gerações foi maior que 50% e o número de gerações completas equivalente foi igual a 4,89. O valor do coeficiente endogâmico (F) foi de 0,32% e o coeficiente de parentesco obtido foi de 3,1%. O intervalo de geração foi de 5,75 anos. Os resultados dos parâmetros com base na probabilidade de origem do gene: número de fundadores (Nf), número efetivo de fundadores (fe), número efetivo de ancestrais (fa) e número efetivo de genomas remanescentes (fg) foram: (Nf) > (fe) > (fa) > (fg). A razão (fe)/ (fa) foi próxima de 1, indicando que não houve gargalo genético, já a razão (fg)/ (fe) foi de 0,30 e mais distante de 1, indica um processo rápido de deriva genética, pois quantifica a perda de alelos fundadores entre gerações. Enquanto que para os indivíduos Santa Inês, Somalis e Morada Nova o coeficiente de parentesco médio (AR) foram de 5,17%, 4,98% e 4,98 e consanguinidade (F) foram de 1,81%, 0,78% e 0,78 respectivamente. O intervalo de gerações (IEG) foi de 3,54, 3,40 e 4,08 anos e o tamanho efetivo médio (Ne) por geração foi de 30, 15 e 35 animais, sendo que o número efetivo de animais fundadores ( fe ) de 29,54, 38,60 e 29,43 e de ancestrais ( fa ) foi igual a (17, 13 e 19 respectivamente). Dentre os ancestrais, apenas 7 Santa Inês, 5 Somalis e 10 Morada Nova foram responsáveis por 50% da variabilidade genética das populações, o que indica perda de genes de origem. Concluindo-se que na população de ovinos da raça Santa Inês (ASCCO) a variabilidade genética permitirá a obtenção de ganhos genéticos adequados nas características de importância econômica. Enquanto que nas populações de conservação do GENECOC observa-se baixa contribuição dos animais fundadores ao longo das gerações. Os valores do coeficiente de endogamia de Wright indicam subdivisão da população em linhagens. Em geral, a consanguinidade e os valores médios do coeficiente de parentesco foram baixos e a variabilidade genética foi considera alta.

The wooless sheep breeds are part of the genetic heritage of Brazil, formed by animals highly adapted to semi-arid Northeast and high capacity of production of meat and skin. However it is of recent formation breeds, still few breeding programs, and consequently lacking in studies of population structure, genetic variability, inbreeding and degree of conservation. Therefore this study had two objectives: 1) to analyze the genetic variability of Santa Ines in Brazil based on pedigree information using animal records Santa Ines, from the Goat Breeders of Sergipana Association and Sheep (ASCCO) created in Northeast of Brazil and 2) evaluate the genetic structure and genetic variability conservation nucleus of Embrapa goats and sheep, located in Sobral, northern region of the state of Ceará, compiled by Management System for Livestock, part of the within the Breeding Program of Goats and sheep - GENECOC® . Santa Inês breed pedigree file (ASCCO) contained 29080 animals and genealogical data files belonging to GENECOC 904 individuals Santa Ines, 972 individuals of Somalis breed and 1372 individuals of Morada Nova breed. For the first analysis of animal Santa Inês the average pedigree integrity in the last four generations was greater than 50% and the number of full generations equivalent was equal to 4.89. The value of endogamic coefficient (F) was 0.32% and the obtained relationship coefficient was 3.1%. The generation interval was 5.75 years. For the results of the parameters based on the probability of gene origin: number of founders (Nf), effective number of founders (fe), effective number of ancestors (fa) and effective number of remaining genomes (fg): (Nf)> (fe)> (fa)> (fg). The ratio (fg) / (fa) was close to 1, indicating no genetic bottleneck, as the ratio (fg) / (fe) was 0.30 and more distant from 1, indicating a rapid process of genetic drift, it quantifies the loss of founder alleles between generations. While for individuals Santa Inês, Morada Nova Somalis and the average relatedness coefficient (AR) were 5.17%, 4.98% and 4.98% and inbreeding (F) were 1.81%, 0.78 and 0.78% respectively. The generation interval (IEG) was 3.54, 3.40 and 4.08 years and the mean effective size (Ne) per generation was 30, 15 and 35 animals, with the effective number of founder animals (fe) of 29.54, 38.60 and 29.43 and ancestors (fa) is equal to (17, 13 and 19 respectively). Among the ancestors, only 7 Santa Ines, 5 Somalis and 10 Morada Nova accounted for 50% of the genetic variability of populations, indicating loss of original genes. Concluding that the population of sheep Santa Inês (ASCCO) genetic variability will allow obtaining appropriate genetic gains in traits of economic importance. While in GENECOC conservation populations observed low contribution of animal founders over the generations. The values of Wright's inbreeding coefficient indicates subdivision of the population lineages. In general, inbreeding and the mean values of inbreeding coefficient were low and the genetic variability considered high.