Caracterização fenotípica, sequenciamento e anotação do genoma total de uma cepa de Escherichia coli isolada de uma paciente com Doença de Crohn

Abstract

A Doença de Crohn (DC) é uma variante das doenças inflamatórias intestinais que não tem uma causa definida, porém há o envolvimento de fatores ambientais e genéticos, entre eles a microbiota. Portadores da DC apresentam desequilíbrio na composição de espécies da microbiota intestinal, incluindo o aumento da Escherichia coli. A E. coli é uma bactéria versátil em sua relação com o hospedeiro, isto é, inclui cepas comensais e várias categorias patogênicas. Estas compreendem dois grupos: linhagens causadoras de infecções intestinais e linhagens causadoras de infecção extraintestinais. As E. coli isoladas de portadores da DC em geral pertencem ao segundo grupo, e uma das principais características apresentadas por estas bactérias é a interação com células epiteliais (aderência e invasão). Estudos feitos na década de 90 levaram a identificação de um novo patótipo de E. coli, capaz de aderir e invadir células epiteliais e ainda invadir e se replicar dentro de macrófagos, produzindo granulomas, característica histopatológica da DC. Este novo patótipo, chamado de Adherent and Invasive E. coli (AIEC), têm sido usada como referência na caracterização de E. coli isoladas a partir de portadores da DC. Neste trabalho, foi feito o estudo de caracterização fenotípica e genética de E. coli isoladas a partir de 9 portadores da DC e 5 pacientes controles, as quais foram submetidas a testes de adesão e invasão celular em células epiteliais, teste de formação de biofilme e identificação de filogrupos da coleção de referência de E. coli (EcoR). Dentre o conjunto de amostras bacterianas estudado, foi encontrada uma amostra isolada de uma paciente com DC que apresentou invasibilidade superior às demais, e foi intensivamente estudada, tendo-se verificado que ela apresenta um perfil de virulência distinto de AIEC. O genoma da amostra em questão foi sequenciado e anotado. Os resultados da caracterização...