Criação de um algoritmo para organização hierárquica de elementos interagentes: uma aplicação em redes proteicas, pequenas moléculas e miRNAs

Abstract

A decodificação do Genoma significou um grande passo para o entendimento do funcionamento celular. Inúmeros experimentos de interações proteicas passaram a ser realizados e uma quantidade enorme de dados foi e ainda é gerado. Para tanto, organizações públicas se uniram e criaram bancos de dados como o EMBL (European Molecular Biology Laboratory) e o NIH (National Institute of Health). Contudo, a forma como os dados estão organizados em tais repositórios pode, eventualmente, não favorecer a extração de informações úteis a um determinado estudo. Posto isso, faz-se necessário o desenvolvimento de ferramentas que sejam capazes de reorganizar as listagens iniciais, facilitando o trabalho do pesquisador no que se refere à identificação e compreensão de processos biológicos. Existe, atualmente, um método que agrupa genes em uma lista de maneira que a probabilidade de interação entre dois deles é inversamente proporcional à distância em que estes se encontram na lista. Com base neste conceito, desenvolvemos um algoritmo que reorganiza hierarquicamente um dado conjunto de interações, dispondo-o em uma matriz de adjacência simétrica de modo que ocorra a formação de clusters em torno da diagonal principal desta