Filogeografia de Thoropa grupo miliaris (Anura: Cycloramphidae)

Abstract

A Mata Atlântica, uma formação florestal com alta diversidade e ameaçada por ação antrópica, é foco de interesse de vários estudos sobre diversificação de espécies. Este estudo teve como objetivo principal entender a história evolutiva das espécies de Thoropa grupo miliaris (Anura: Cycloramphidae), que inclui T. miliaris, T. taophora, T. saxatilis e T. megatympanum. Utilizei sequências de DNA mitocondrial dos fragmentos 16S, ND2 e COI de indivíduos das quatro espécies (N = 487), distribuídos em um total de 98 localidades. Realizei análises de agrupamento para os três fragmentos separados, e posteriormente realizei análises filogenéticas sob Inferência Bayesiana, Máxima Verossimilhança e Máxima Parcimônia com os fragmentos concatenados. Além disso, fiz redes de haplótipos com as sequências de 16S, e calculei diversidades genéticas, além das divergências genéticas intra e interclados. Por fim, estimei tempos de divergência por meio de análises coalescentes (t MRCA) e das divergências genéticas (dA ). Encontrei a diversidade genética distribuída em oito clados distintos. Thoropa saxatilis e T. megatympanum são grupos monofiléticos bem estruturados. A primeira localiza-se no nordeste do Rio Grande do Sul e sudeste de Santa Catarina, e a segunda ocorre na Serra do Espinhaço. Thoropa miliaris inclui cinco grupos parafiléticos em relação à T. taophora, e ocorrem desde o sudeste da Bahia até o sudeste do Rio de Janeiro, e sobrepõem-se no centro-sul do Espírito Santo e centro-norte do Rio de Janeiro. Thoropa taophora inclui populações do extremo sudeste do estado do Rio de Janeiro e do litoral do estado de São Paulo. Alguns clados de Thoropa miliaris são bem estruturados, e os outros formam, juntamente com T. taophora, um agrupamento...

The Atlantic Forest, a forest formation with high diversity and threatened by human action, is the subject of interest of many studies on species diversification. This study is based on the evolutionary history of the Thoropa miliaris group (Anura: Cycloramphidae), which includes T. miliaris, T. taophora¸ T. saxatilis and T. megatympanum. I used sequences of mitochondrial DNA fragments of 16S, ND2 and COI from individuals of the four species (N = 487), distributed in 98 localities. I performed cluster analysis for the three separated fragments, and after that, phylogenetic analyzes with Bayesian Inference, Maximum Likelihood and Maximum Parsimony with the concatenated fragments. In addition, I made haplotype networks using the 16S fragment, and also calculated genetic diversity and genetic divergences within and between clades. Finally, I estimated times of divergence using coalescent analysis (t MRCA) and genetic divergence (dA ). I found the genetic diversity distributed in eight distinct clades. Thoropa saxatilis and T. megatympanum are monophyletic and structured groups. The first located in northeastern Rio Grande do Sul and southeast Santa Catarina and the second occurs at Serra do Espinhaço. Thoropa miliaris includes five paraphyletic groups that occur from southern Bahia to southern Rio de Janeiro, and these clades overlap in the center- south of the Espírito Santo and north-central Rio de Janeiro. Thoropa taophora includes populations from the extreme southeastern of the state of Rio de Janeiro, and the coast of the São Paulo state. Some clades of Thoropa miliaris are structured, and the others form, along with T. taophora, a group with low genetic diversity. Thoropa miliaris group possibly began its diversification in the Miocene (tempo de divergência: 8.5 to 3.7 My) and most recent common ancestors are from... (Complete abstract click electronic access below)